股权转让如何纳税？

案例一：自然人股东撤资
甲公司实收资本1000万元，有2个自然人股东，A股东占比40%，B股东占比60%，目前甲公司账面上盈余公积2000万元，未分配利润3000万元。
由于内部问题，A股东直接撤资，收回款项5000万元。
请问：
A股东直接撤资，如何纳税？
答复：
1、个人取得的股权转让收入=5000万元
2、原实际出资额（投入额）=1000万元*40%=400万元
3、应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费=5000万元-400万元=4600万元
4、财产转让所得的个税=4600万元*20%=920万元
参考：
《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局2011年第41号公告）规定：“个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。”
思考：还有更合适的转让股权方式吗？
案例二：法人股东撤资
甲公司实收资本1000万元，有2个法人股东，A股东占比40%，B股东占比60%，目前甲公司账面上盈余公积2000万元，未分配利润3000万元。
由于内部问题，A股东撤资，收回款项5000万元
请问：
A股东撤资，如何纳税？
答复：
第1步：确认投资收回，即初始出资的部分=1000万元*40%=400万元，没有税；
第2步：确认股息所得，即相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，即（2000+3000）*40%=2000万元，免征企业所得税；
第3步：确认投资资产转让所得，即5000-400-2000=2600万元。
企业所得税=2600万元 x 25% = 650万元
政策：
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第五条规定：
投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。
思考:还有更合适的方式吗？

小编补充结论：对于自然人股东和法人股东从公司撤资，需要缴纳的税费大不同，所以，企业成立之初，我们就要考虑如何搭建好我们的股权架构，把风险在源头控制住，将我们的税费合理的降下来。

小编再多啰嗦几句：创业企业老板常常会有这样一种心态，那就是想给员工股权，股权激励其实是把双刃剑，合理设置能提升员工的士气与绩效，盲目分配则会为公司埋下无穷后患。很多企业不清楚如何搭建自己的股权架构，给了员工公司的原始股份，其实，老板只想给员工的分红权和增值权，但给了员工原始股份，员工行权后即一跃成为股东，员工成为股东后，对企业决策也和公司其他股东一样有表决权，这点是很多老板没想到的，但恰恰是这点，为企业以后的发展留下很多隐患，小编见过太多因为公司股权架构不合理而导致公司发展衰退的案例。
提醒：企业设计股权激励，无非是通过各种方法把财产权转让给员工，但是要把表决权留在创始人手里。
再有，对于创业企业而言，要想吸引资本青睐和进入，股权架构是不得不考虑的问题，而且应当长远考虑。