根据《保险法》第二条规定，本法所称保险，是指投保人根据合同约定，向保险人支付保险费，保险人对于合同约定的可能发生的事故因其发生所造成的财产损失承担赔偿保险金责任，或者当被保险人死亡、伤残、疾病或者达到合同约定的年龄、期限等条件时承担给付保险金责任的商业保险行为。
同时根据财税〔2016〕36号附件2 的相关规定，被保险人获得的保险赔付不属于增值税的征税范围，所以无需缴纳增值税。
从以上可以看出发生保险责任，应当向客户支付的是赔付保险金，而不是恢复原状，所以维修费发票是开给贵公司的（只是要把发票的复印件提供给保险公司，证明维修支出），保险公司的做法不合理，除非合同约定保险公司承担的是恢复原状的合同义务。
另外公司收到保险公司的赔付款，不属于增值税的征税范围，也不需要单独开具发票。